As marcações de consultas médicas para as diversas especialidades no HCFMB devem ser realizadas pelo Sistema Informatizado de Regulação do Estado de São Paulo, seguindo as diretrizes do Estado de São Paulo (SIRESP).

O processo começa com a identificação do paciente, que deve procurar uma Unidade Básica de Saúde (UBS) próxima de sua residência. Na UBS, o paciente passará por uma triagem e uma avaliação inicial de sua condição médica. Com base na avaliação realizada na UBS, o paciente pode ser encaminhado para um atendimento especializado no Hospital das Clínicas de Botucatu, caso seja necessário. Essa indicação é feita de acordo com a especialidade médica requerida e a disponibilidade de serviços no hospital.

Com o encaminhamento definido, os dados do paciente e a solicitação de consulta são registrados no Sistema SIRESP, que centraliza as informações sobre a demanda por consultas e coordena a distribuição de vagas de acordo com a capacidade e agenda do hospital.
Com base nas vagas disponíveis, a Secretaria de Saúde do Município realiza o agendamento da consulta médica no Hospital das Clínicas de Botucatu. O paciente recebe informações sobre a data, horário e a especialidade para a qual foi agendada.
Na data e horário marcados, o paciente comparece ao Hospital das Clínicas para a consulta com o especialista, em que será atendido de acordo com a demanda médica e a especialidade em questão.
A solicitação de relatório médico com CID pode ser solicitada através do e-mail atendimentoaopaciente.hcfmb@unesp.br ou pessoalmente no setor de laudos médicos, pelo próprio paciente com apresentação de um documento pessoal original.
Já a solicitação de resultado de exames (imagem ou de laboratório) pode ser realizada através do e-mail atendimentoaopaciente.hcfmb@unesp.br ou pessoalmente, podendo ser feita por terceiros que portarem o documento original do paciente.
O paciente tem a opção de realizar a marcação de retorno/remarcação de consultas e exames de forma presencial no piso térreo do Ambulatório Central do HCFMB, de segunda a sexta-feira, das 8h às 18h.