A Gestão da Qualidade teve início no HCFMB em meados de 2011, com o Escritório da Qualidade, que era diretamente ligado à Superintendência. Em 2013, passou a ser denominado Núcleo de Gestão em Qualidade e, em 2019, foi incorporado ao Departamento de Auditoria e Informações em Saúde.

O objetivo do Núcleo é assessorar as diversas áreas do HCFMB no mapeamento de processos, confecção de documentos, implantação e análise de indicadores, treinamentos e demais ações para que as áreas mantenham o foco em melhoria contínua.