A missão do Hemocentro é prestar assistência hemoterápica e hematológica com qualidade, formando e atualizando recursos humanos com a finalidade de fornecer hemocomponentes e hemoderivados com padrão exigido pelas normas de vigilância sanitária garantindo a segurança do procedimento hemoterápico desejado dentro de uma visão maior de saúde pública.
O Hemocentro de Botucatu é o serviço de Referência Técnica na área de hemoterapia, sendo responsável por garantir a manutenção dos estoques de hemocomponentes para sua região de abrangência (sub região de saúde – pólo Cuesta, 8 Agências Transfusionais, 1 unidade de Coleta e Transfusão e um Hemonúcleo Regional.
O Hemocentro participa de diferentes programas de avaliação desde sua fundação, em 1982. Além da participação na Avaliação Externa da Qualidade em Sorologia e Hemocomponentes na área de Imuno-hematologia, é unidade produtora de painel para demais serviços sob a Coordenação do Ministério da Saúde.
São participantes do Programa Nacional de Qualidade (PNCQ) os laboratórios de Sorologia, Hemostasia, Hematologia e Bioquímica Eritrocitária. O Hemocentro também participa de programas de avaliação ligados à Associação Brasileira de Hematologia, Hemoterapia e Terapia Celular (ABHH), Sociedade Brasileira de Análises Clínicas (SBAC) e o International External Quality Assessment Scheme, promovido pela World Federation Hemophylia.