A atuação fonoaudiológica no Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina de Botucatu surgiu da necessidade de atendimento multiprofissional inicialmente no setor da Otorrinolaringologia (Departamento de oftalmologia, otorrinolaringologia e cirurgia de cabeça e pescoço) com a primeira contratação em 1978 para as áreas de audiologia, linguagem infantil e voz. Posteriormente, outras áreas como a Neurologia e Pediatria também identificaram a necessidade de integração do Fonoaudiólogo em suas equipes. Esse modelo de atuação, vinculada aos departamentos médicos, se manteve por 36 anos.

Com a expansão no número de profissionais atuando nas distintas áreas da fonoaudiologia, houve a necessidade de maior organização das atividades deste profissional no Hospital das Clínicas. Em julho de 2014, a diretoria do HCFMB estabelece oficialmente a criação / organização do Serviço de Fonoaudiologia como um setor específico do Hospital, com uma atuação que abrange processos diagnósticos, realização de exames e reabilitação nos ambientes hospitalar e ambulatorial da população neonatal, infantil, adulta e geriátrica.