Esta Gerência deve promover ações que possibilitem a atuação assistencial plena dos médicos do corpo clínico, atuando nos problemas e dificuldades encontradas pelos mesmos. Além disso, a Gerência Médica deve encontrar soluções capazes de atender à demanda assistencial cada vez mais crescente existente no HCFMB.

Para exercício pleno de suas atividades, a Gerência Médica interage com os Serviços Médicos criados e subordinados a ela. A estrutura destes Serviços é baseada nas Disciplinas e Departamentos da FMB, porém com atuação essencialmente assistencial.
A Gerência Médica também coordena a formação dos Núcleos de Saúde, que são estruturas formadas pelos Serviços Médicos que apresentam atuação comum em algumas situações clínicas relacionadas à assistência médica. Desta forma, os mesmos profissionais podem atuar em diferentes serviços médicos constituídos nestes Núcleos de Saúde.

Serviços Médicos e Núcleos de Saúde formalmente constituídos até a presente data:

I.1. Serviços Médicos: Anestesiologia, Cardiologia, Cirurgia Cardíaca, Cirurgia Geral, Cirurgia Pediátrica, Cirurgia Plástica, Cirurgia Torácica, Cirurgia Vascular, Clínica Médica Geral, Dermatologia, Diálise, Endocrinologia, Gastroenterologia Clínica, Gastroenterologia Cirúrgica, Geriatria e Gerontologia, Ginecologia, Hematologia, Hemodinâmica, Homeopatia e Acupuntura,Infectologia, Mastologia, Medicina Nuclear, Nefrologia, Neurologia Cirúrgica, Neurologia Clínica, Neurologia Pediátrica, Nutrologia, Obstetrícia, Oftalmologia, Ortopedia, Traumatologia e Cirurgia de Mão, Otorrinolaringologia, Patologia, Pediatria, Pneumologia, Psiquiatria, Radiologia, Radioterapia Reumatologia, Terapia Antálgica, Urologia, Serviço de Terapia Intensiva (SETI), Unidade Coronariana e Neonatologia

I.2. Núcleos de Saúde: Oncologia, Transplante Renal, Serviço de Procura de Órgãos e Tecidos (SPOT), Núcleo de Vigilância Epidemiológica (CRIE), Serviço de Diagnóstico e Terapia, Pronto Socorro Referenciado do HC (PSR), Pronto Socorro Adulto Municipal (PSA) e Pronto Socorro Infantil Municipal (PSI).